纳豆益菌具有多种活性物质，包括维生素k2、叶酸、卵磷脂、多种氨基酸等，进入肠胃道后以有益菌的方式作用，具有营养、消化、免疫三大功能.

营养方面 – 帮助钙质结合，有效强健骨骼。

体内骨头与钙质的结合需要骨钙蛋白质(Osteocalcin)，体内要组成骨钙蛋白质，需要维生素K2。健康的身体在消化系统中，体内微生物会自动产生维生素K2，但随着年龄增长，体内微生物活动力变弱 ，生产的维生素K2会越来越少，而维生素K2为纳豆的重要成份之一，所以能有效帮助钙骨的结合，强健骨骼。

消化方面－促进肠胃功能，减少排便臭味。

纳豆益菌中含有酵素Lysozyme (溶菌?) 和 Dipicolinic acid (?啶二羟酸)，可抑制体内原性0-157大肠杆菌及金黄葡萄球菌.志贺氏菌等坏菌的生长，促进肠道中好菌如乳酸菌.比菲德氏菌的繁殖，所以有整肠.保持消化道健康,进而改善免疫机能的作用。

免疫方面－活化细胞方面，有效提升免疫。

纳豆菌会产生特殊的抗氧化剂，它的含量是未发酵大豆的四倍，除了有抗氧化作用外，还可活化体内SOD(SuperOxide Dismutase)。

SOD是一种存在于体内可以清除自由基的酵素，虽然体内可以合成，但营养不均衡.年龄增长及环境因素不断刺激，会造成SOD的合成量不足及活性降低。

（注：含有纳豆成分的犬粮，目前为止仅限于台湾地区销售）